Подскажите как поступить в данной ситуации?

А уточненную декларацию вы сдавали с учетом принятого решения по камер. проверке? Вообще, в решении по результатам выездной налоговой проверки должны быть отражены результаты камер. проверки. Получается, что уточненную декларацию вы представили без учета решения нал. органа по кам. проверке? Если вы все верно описали, то вам необходимо обжаловать решение об отказе в возмещении (полностью или частично) , решение об отказе в привлечении к налоговой ответственности. Обжаловать данные решение нужно путем подачи апелляционной жалобы. Апелляционная жалоба подается в течение 10 дней со дня получения решения в налоговый орган, принявший решение, который в течение 3-х раб. дней должен перенаправить жалобу в УФНС по краю.

вам нужно для начала пройти сверку.
если как вам написали выше вы не успели подать апелляционку в течение 10 дней, то можно подать в течение года обычную жалобу в УФНС. Она не меняет срок вступления решения в законную силу, но обжалование допускает, если в решение по выездной не отразили камералку

Шаг номер раз: запрашиваете с налоговиков сверку, при сверке должна быть выявлена эта переплата. Подписываете акт сверки и пишите письмо на возврат переплаты. Там вас опять покамералят разочек и перечислят переплату, если она действительно имеет место.
Шаг номер два. Если шаг номер раз не получился с тем результатом, что хотелось, но Вы все равно уверены, что правы. После проделанного шага номер раз, с актом сверки с налоговой на руках, всей отчетностью и всеми решениями о возврате/отказе/взысканиях, выписками по счету об уплате и возмещении НДСа идете судиться. А здесь я уже не советчик, как правило, все выясняется на шаге номер раз.
А вообще, попробуйте для себя расписать, сколько должны были возместить.
Пример:
20.04 декларация, к возмещению 100 руб.
20.07.возместили 100 руб.
20.08 выездная, взыскали 20 рубл.
21.08 уточненка, по уточненке к возмещению 150 руб.
21.11 возмещают 150-100 рублей= 50 рублей
Сухой остаток:
Хотим 150
Вернули 100+50 Взыскали 20, т. е. итого вернулось всего 130
Таким образом, Ваша переплата будет лишь в сумме взысканного по выездной. Вот только за эту сумму и бейтесь. А ее будет четко видно в сверке с налоговиками.