чем отличаются операции, подлежащие налогообложению по 0 ставке НДС, и операции, не подлежащие налогообложению

Операции, связанные с реализацией услуг по транспортировке товаров, вывозимых за пределы территории Российской Федерации, в соответствии с подпунктом 2 пункта 1 статьи 164 кодекса облагаются налогом на добавленную стоимость по ставке 0 процентов.

то есть организация является плательщиком НДС но по данным операциям ставка 0%

а вот без НДС для тех кто не является плательщиком НДС например упрощенщики

Про 0% ставку все знают, а про Статью 149. Операции, не подлежащие налогообложению (освобождаемые от налогообложения) не знают что ли?
Например, фирма продает компы и своё (саморазработанное ПО, или лицензии на по) . Так вот компы она будет продавать с 18% ставкой НДС, а ПО - без НДС. Т. е. в счет-фактуре будет стоять не 0%, а прочерк "-".

отличие в том, что одни операции, как вы написали, облагаются налогом (пусть и по ставке "0"), а другие не облагаются.. . если и здесь непонятно.. .
почитайте лучше в каком случае мы можем принять НДС к вычету.. . получается, что только в том случае если наша реализация облагается НДС (пусть и по ставке "0"). вот и вся разница.
как правило освобождены от НДС операции с ценными бумагами, по ставке "0" - реализация на экспорт.
п. с. законы пишут не самые глупые люди, хоть и корыстные.

НК РФ предусмотрены ставки 0%, 10%,18%. Все перечислены в статье 164. Если другие операции как Вы говорите освобождены от уплаты НДС, значит у Вас другой режим налогообложения