В авансовом отчете приложен товарный чек и кассовый, в кассовом выделен НДС по всему чеку, с/ф нет, в авансовом

НДС относите на 91 за счет собственной прибыли, а материалы приходуете за-НДС

Не стоит выделять НДС вообще.

Президиум ВАС РФ в Постановлении от 13 мая 2008 г. N 17718/07 по делу N А40-13151/06-98-80, опираясь на правовую позицию Конституционного Суда (Определение от 2 октября 2003 г. N 384-О) , пришел к выводу, что при приобретении товаров (работ, услуг) в розницу за наличный расчет право на вычет можно подтвердить кассовым чеком. Счет-фактура не является единственным основанием для предоставления вычетов. То есть НДС можно принять к вычету на основании кассового чека, в котором выделена сумма налога. Т. е. , НДС по чеку можно принять к вычету.
Однако, скорее всего, такой подход приведет к судебным разбирательствам с налоговыми органами.
Что касается учета в целях налогообложения прибыли указанного в кассовом чеке НДС, то: в Налоговом кодексе РФ не сказано, можно ли учесть в расходах при расчете налога на прибыль сумму НДС, который был предъявлен, но не принят к вычету. В УМНС России по г. Москве уверены, что в составе прочих расходов не отражаются суммы невозмещенного налога на добавленную стоимость. Соглашаются с налоговыми органами и некоторые суды. Например - Постановление ФАС Уральского округа от 21 июня 2006 г. N Ф09-5207/05-С7 по делу N А71-726/05. Суд пришел к следующему выводу: "Неиспользование налогоплательщиком права на получение возмещения НДС не является основанием для отнесения сумм НДС на затраты, учитываемые при налогообложении прибыли".
И вычет НДС, и включение налога в расходы при налогообложении прибыли несут в себе налоговые риски, поскольку наверняка это приведет к судебным разбирательствам.

Выделить НДС по всем позициям нужно, но вот принять без счет-фактуры НДС не сможете. При выделении НДС по позиционно важно знать весь ли товар облагается НДС и по какой ставке.

вообще НДС не принимайте к вычету т. к. нет сч-ф