Работаю главбухом, налоговые отчеты отправлю спомощью контур-экстерн, сегодня звонят, говорят что мой НДФЛ, ЕСН годовой

Попробуйте обратиться напрямую к специализированному оператору. У них вся инфа на сервере хранится. НДФЛ и ЕСН сдаются до 30-го апреля ИП-шками, поздновато что-то ваша налоговая спохватилась. Если декларации были нулевые и налоговая их все-таки не найдет - просто сдаете и платите 200 руб. штраф. если ненулевые были - с целью минимизации штрафа также сдайте нулевки. а потом уточненки подайте. только смотрите чтобы налог с пеней были уплачены, иначе штрафа не избежать.
а вообще-то налоговики протокол в течение 2-3 дней высылают, может протокол о приемке был с ошибкой, поэтому ваш отчет и не прошел?

Контур-экстерн устроен так, что даже если сломается все что может сломаться, при переустановке этой программы все когда-либо отправленные отчеты восстанавливаются, т. к. база находится не в компе, а на сервере обслуживающей организации. Зайдите в "отчеты", "отправленные отчеты" и если там нет Ваших отчетов, значит Вы не отправляли, а если есть - распечатайте из нужного Вам отчета Протокол входного контроля и сам отчет и в налоговую.

Странный ник для главбуха:))

а протокол не печатали? обратитесь в фирму которая устанавливала контур, может что-то на сервере есть. У меня чтото похожее было я отчетность отправила в 20 числах июля а пенсионный принял ее в конце августа. но там была их вина что-то с их сервером. а тут....

К отчетам должны быть подтверждения о приемке, сначала оператором, позднее от налоговой, ВЫ их не распечатывали разве, хоты бы первый при отправке? Если даже забыли ну или как Вы сказали не смогла из-за того что прога слетела - обратитесь к оператору. В моем городе ребята работающие в Контуре очень отзывчивые и если даже прога слетела либо произошло что-то по их вине они отпишут Вам объяснительную для налоговой (просто где-то уже не раз об такой объяснительной я слышала) , либо уж точно ответят отправлялся отчет или нет, поговорите с ними, возможно они Вам подскажут что-то