Мне нужно письменно объяснить в налоговой, почему у меня расхождения в декларациях по НДС (реализация) и НДФЛ (сумма

1) Они в уведомлении пишут, что методики формир-ния различны : НДС - по отгрузке, НДФЛ-по оплате. .
я может чего не понимаю, но именно поэтому наша налоговая при проверке ИП никогда не сверяет декларации по НДС с 3НДФЛ, у Вас же получается они сами спрашивают и сами же себе отвечают.

2)были поступления на р\сч - мои личные сбережения И Вы их включили в доход в 3НДФЛ? Какая однако щедрая у Вас душа. Перекладывание денег из левого кармана (Ваша наличность) в правый (расчетный счет) пока еще у нас доходом не является и налогом не облагается. Обычно при проверке 3НДФЛ налоговая сверяется не с декларацией по НДС, а заказывает сводную выписку из банка. И если поступления на р/счет больше чем заявлен доход в 3НДФЛ, то просят пояснить.

Как видим подобные запросы с налоговой не всегда есть зло, т. к. выяснилось, что Вы в 3НДФЛ включили в доход суммы, которые по сути таковыми не являются. Ваши действия - подать уточненку по 3НДФЛ, приложите к ней пояснительную записку: "в результате технической ошибки, доходы за 2012 год были завышены, в следствии ошибочного включения в состав доходов денежных средств внесенных на банковский расчетный счет в сумме... ". Это сопроводительное письмо избавит Вас в последующем от требования пояснений, когда налоговая будет сверять 3НДФЛ с выпиской банка.

да так и напишите-за 2012 год на р/с были поступления в виде внесения собственных средств предпринимателем в размере 200 тыс. руб... для пущей убедительности можно копии квитанций приложить...