Если не сдал вовремя Бухгалтерский баланс или Налоговую декларацию по НДС, что нужно делать?

Да, просроченную отчетность не примут. Надо сначала выписать штраф, протокол, при том выписывают его либо на директора (т. е. он должен лично его получить - чаще всего это нереально) , либо на главбуха и уже потом идти сдавать отчетность. Но можно поступить еще проще. Отправить просроченную отчетность почтой, либо через интернет (Контур-Экстерн, Такском) . Если нет на предприятии Контура или Такскома - можете через спец. фирму, которая сдает интернет-отчетность платно, т. е. оказывает услуги предприятиям по сдаче отчетности.
Со 2 сентября 2010г изменились размеры штрафов за несвоевременную сдачу отчетности.
Налоговики могут предъявить компании штраф за несдачу нулевой декларации в размере 1000 руб. (было - 100 руб) . Здесь таблица с новыми штрафами www.glavbukh.ru/img/shtraf.html

никакого протокола, просто сдаете и все, вам потом налоговая штраф выставит на расчетный счет

Сдайте нулевку, потом уточненку, штраф будут минимальный, отправьте нулевку почтой, через недельку, две идите сдавать уточненку.

Сделайте декларации и идите в налоговую, они все скажут сами в какой кабинет, какое написать письмо, сколько заплатить штрафа, это не страшно, правда неприятно. Но сдать нужно, а они должны принять

Сдавать всеравно надо, но готовьтесь к административному наказанию-штрафу. Могут даже привлечь к мировому судье.

Сдавать.
Непредставление налогоплательщиком в установленный законодательством о налогах и сборах срок налоговой декларации в налоговый орган по месту учета
влечет взыскание штрафа в размере 5 процентов неуплаченной суммы налога, подлежащей уплате (доплате) на основании этой декларации, за каждый полный или неполный месяц со дня, установленного для ее представления, но не более 30 процентов указанной суммы и не менее 1 000 рублей.

(ст. 119, "Налоговый кодекс Российской Федерации (часть первая) " от 31.07.1998 N 146-ФЗ (принят ГД ФС РФ 16.07.1998))