упрощенка 6% книга доходов и расходов

Как это раздел Доходов заполнять не надо, у вас же налоговая база Доходы 6%. Согласно пункту 2.5 Порядка заполнения Книги учета доходов и расходов
Графа 5 в обязательном порядке заполняется налогоплательщиком, применяющим упрощенную систему налогообложения с объектом налогообложения в виде доходов, уменьшенных на величину расходов.
Налогоплательщик, применяющий упрощенную систему налогообложения с объектом налогообложения в виде доходов вправе по своему усмотрению отражать в графе 5 расходы, связанные с получением доходов, налогообложение которых осуществляется в соответствии с упрощенной системой налогообложения.
А вам нужно заполнить
в графу 1 записываете № п/п в хронологической последовательности
в графу 2 записываете дату и номер первичного документа, я здесь записываю номер выписки банка и дату ( дата платежного поручения может не совпадать с датой списания денег со счета) или № ПКО и дату, если деньги поступили по кассе
в графу 3 записываете от кого и за что получены деньги
в графу 4 записываете сумму
ну, а графу 5 как уже сказал заполняете по желанию.

Заполняется только графа ДОХОДЫ (а у вас написано, что не заполняется.)

Как это раздел доходы не надо заполнять. Заполнять нужно раздел доходы. Записываете туда: номер платежного поручения, дата за что, от кого, сумма. Точно также по кассе, если деньги приходят на кассу. Ежеквартально подводите итог. Также пишите итог нарастающим. Записываете и нумеруете в хронологическом порядке.

Вы перепутали статьи. в доходы заносите выручку по первичкам

почитайте Порядок заполнения Книги учета доходов и расходов организаций и индивидуальных предпринимателей, применяющих упрощенную систему налогообложения (Приказ Минфина РФ от 31 декабря 2008 г. N 154н) - там все подробно описано. в двух словах - в Книгу заносите все свои доходы от предпринимательской деятельности: по мере поступления денег на расчетный счет и/или в кассу. Если Книга велась в электронном виде, подписывается (только подписывается, а не сдается! ) в налоговой инспекции по итогам налогового периода (года) - не позднее 30 апреля (для ИП) . Если книга ведется вручную, то заверяться она должна до начала ее ведения.