Год работал по документам сестры ИП. Платил через неё по 4 т.р. в квартал. Сейчас преподнесла счёт на 11 т.р. в ПФР.

Все правильно.
В прошлом 2009 году ИП должны были платить фиксированные платежи в размере 7274,40 рублей в т. ч.
-4849,56 в страховую часть ПФ
-2424,84 в накопительную часть ПФ
ИП старше 1967 года рождения должны были платить только в страховую часть ПФ то есть 4849,56
С 2010 года по другому рассчитываются платежи, все платят одинаковую сумму. За 2010 год на себя ИП нужно заплатить.
взнос в ПФР: 4330 x 12 x 20% = 10 392 рублей
в т. ч
1) для лиц старше 1967 года рождения 20% в страховую часть ПФ 10392 рубля
2) для лиц 1967 года рождения и моложе
14% - на страховую часть ПФ 7274.40 рублей
6% - на накопительную часть ПФ 3117,60 рублей
взнос в ФФОМС: 4330 x 12 x 1,1% = 571,56;
взнос в ТФОМС: 4330 x 12 x 2% = 1039,2;
общая налоговая нагрузка составит 12 002,76.

она ошиблась, всего 12003 руб:
На 2010 год стоимость страхового года (и, соответственно, фиксированные взносы) составляет:

* в Пенсионный фонд — 10392 рубля (4330 руб. × 20% × 12 мес.) . Если плательщик взносов 1967 года рождения и младше, то взносы в ПФ составят на страховую часть 7274.40 руб. (4330 × 14% × 12 мес) , на накопительную 3117.60 руб. (4330 × 6% × 12 мес) . Если плательщик 1966 года рождения и старше, то вся сумма уплачивается на страховую часть;
* в Федеральный фонд обязательного медицинского страхования — 571.56 рубля (4330 руб. × 1.1% × 12 мес.) ;
* в Территориальный фонд обязательного медицинского страхования — 1039.20 рублей (4330 руб. × 2% × 12 мес.).

и в чем вопрос? советую поторопиться, через 17 дней начнут начислять пеню. Вот только отчисления пойдут на пенсию сестры

Ну если как вы говорите, что Вы платили по 4 тыс. за квартал то у Вас должна быть переплата во все фонды т. к. в 2010 году взносы составляют 12003руб. а у Вас уже 16000))).
Советую съездить в ПФР и произвести сверку платежей.