Из налоговой пришло письмо

Вы за получение письма не расписывались? А значит не получали. Подумаешь вытащили из поч. ящика. Вы не предупреждены. Так что успокойтесь и проигнорируйте.
Вот когда прийдет письмо с уведомлением и Вы за него распишитесь в получении тогда там будет прописан срок для подачи уточнения. А так походу такие письма высылают многим. А кто откликнется того и будут шерстить.

Арендная плата за землю не учитывается. Только те налоги, которые администрирует налоговая инспекция, Прибыль, имущество, НДС. Не учитывается НДФЛ и страховые взносы в ПФ.

а я бы ответила по почте. низкая налог. нагрузка объясняется, что в условиях финансового кризиса выручка упала, а расходная часть - аренд. плата, з/п, эл/энергия и пр. остались на прежнем уровне, ну побольше. а в конце - обязуемся исправится - вот рекламу запустим, увеличим продажи, почистим персонал и пр. , а потом - ну не смогли увеличить.. . правда у нас после таких писем месяца через три пришла выездная. но к тому времени вся деятельность по фирме была блокирована кредиторами. так что насчитали - а получить ниче не получили.

Арендная плата не налоговый платеж. Письмо можно проигнорировать, никакой выездной проверки не будет, она должна быть прописана заранее. в инете поищите, по моему на сайте прокуратуры РФ, если вас там нет, можете смело посылать.

Налоговая нагрузка = Уплачено налогов/Выручка без НДС
Посмотрите какие налоги уплачивала Ваша организация в 2009 году:
например, ЕСН - имея 2 грамотных менеджеров по продажам Вы могли увеличить выручку в разы, а премию начислить им в 2010 по итогам года.
НДС - создали складской запас, и вычеты оказались больше начислений
прибыль - смотрите аналитику затрат по налоговым регистрам.
и т. д. каждый налог
+ специфика деятельности (может у вас сезонность с циклом 1 раз в 2 года)

нужно явиться обязательно для начала и представить те документы которые запрошены.. . ну и естественно пояснительную записку... а что касается выезной то полюбому будет.... и это не угроза почитайте кодекс НКРФ там все написано)