Может ли ИФНС начистить пеню?

Хм, а Вы написали заявление о зачете или об уточнении? От этого многое зависит.
Если Вы просили зачесть сумму переплаты, получившейся на одном лицевом счете, в недоимку земельного налога (другой счет) , то в соответствии с подп. 4 п. 3 ст. 45 НК РФ, днем погашения недоимки по земельному налогу будет день принятия решения об осуществлении зачета. В этом случае между днем начисления земельного налога и днем его уплаты будет "пробег", в течение которого существовала недоимка. А, следовательно, будет и пеня и это совершенно законно.
Ну, например, земельный налог необходимо было уплатить по сроку 01.02.2011, а зачет произойдет 25.02.2011 - просрочка налицо, не так ли? Пеня в этом случае, безусловно, будет :(
Если Вы просили уточнить неверно указанный код бюджетной классификации, то налоговый орган принимает несколько иное решение - решение об уточнении. В этом случае платеж считается осуществленным в тот день, когда Вы фактически перечислили деньги. В этом случае, даже если пеня начислялась, она подлежит сложению.
P.S. Точнее сказать не получится, поскольку Вы не сообщили, имеется ли в земельном налоге недоимка (какое начисление - по какому сроку - Вы оплачивали, с какими датами проходил платеж и начисление, какой КБК Вы указали в платежке и являетесь ли Вы плательщиком того налога, который ошибочно указали)

да уж.... они там такую пеню начистят )))))))))....сопротивляйтесь, доказывайте, спорьте !!!

Нет пеня не может быть начислена за неверный КБК

Конечно может, если вы обнаружили ошибку после отчетного периода, но лучше вам идти в налоговую со всеми документами и доказывать что вы правы, иначе начислят.