Почему ИФНС требует предоставить декларацию по земельному налогу за 2012 год?

Земля, я так понимаю, используется в предпринимательской деятельности, коль там склад расположен?
Если так, то работники налоговой инспекции абсолютно правы. В том случае Вы должны уплачивать земельный налог не как просто физическое лицо, а как предприниматель. Индивидуальные предпринимателя в отношении земельных участков, использующихся в предпринимательской деятельности, обязаны самостоятельно исчислять и уплачивать земельный налог (п. 3 ст. 391 НК РФ и п. 2 ст. 396 НК РФ) .
Это означает, что ежегодно Вы сами должны на основании ставки и кадастровой стоимости определять сумму налога, заполнять и представлять декларацию в сроки, установленные местным законом о земельном налоге.
Платеж в этом случае, кстати, производится со статусом 09 "платежи индивидуального предпринимателя".

Если Вам земельный налог за этот участок начисляли просто как физическому лицу - обязаны снять начисления. Тем более, что плательщиками ЕВНД земельный налог за земли, используемые в предпринимательской деятельности, не платятся.

Поэтому Вы:
1. Как физическое лицо земельный налог за участок, используемый в предпринимательской деятельности, платить не должны. Начисления Вам по этому налогу должны снять. Переплату (если Вы налог заплатили как частное лицо) - обязаны по Вашему заявлению вернуть или зачесть в уплату земельного налога как предпринимателя.
2. Как предприниматель - обязаны сдать декларацию по земельному налогу и сдавать ее в дальнейшем, пока земля используется в деятельности.

Все верно - Вы говорите для ЕНВД склад не используется, значит используется в деятельности, находящейся на УСНО. УСНО от земли не освобождает - вот и требуют они декларацию с Вас. Если склад Вами не используется в предпринимательской деятельности - так и скажите налоговой, с приложением сопутсвующих оправдательных документов.