ООО на УСН6%

Можете вернуть, перечислив деньги с расчетного счета, а можно из кассы ( не более 100000 рублей по одному договору) как вам удобно.
Датой получения доходов признается день поступления денежных средств на счета в банках и (или) в кассу, а также погашения задолженности (оплаты) налогоплательщику иным способом (кассовый метод) (абз. 1 п. 1 ст. 346.17 НК РФ) . То есть при поступлении предоплаты в счет предстоящей поставки товара (выполнения работ, оказания услуг) организация учитывают данную сумму в составе доходов конкретного налогового периода.
Вместе с этим "упрощенцы" в случае возврата ими сумм, ранее полученных в счет предварительной оплаты, имеют право корректировать налоговую базу (абз. 3 п. 1 ст. 346.17 НК РФ введен Федеральным законом от 17.05.2007 N 85-ФЗ) . Корректируется налоговая база в том налоговом (отчетном) периоде, в котором был осуществлен такой возврат.
В книге учета доходов и расходов уменьшение доходов отражается на дату перечисления суммы предоплаты обратно покупателю. При этом возвращенная сумма указывается в графе 4 разд. I книги учета доходов и расходов как доход со знаком "минус".
Налогоплательщик-продавец, применяющий УСН, возвращая покупателям ранее полученный аванс (предоплату) , на сумму возврата уменьшает доходы того налогового (отчетного) периода, в котором производит возврат. В данном случае обязанность по представлению уточненной декларации за предыдущий период не возникает.

Как пришли, так и возвращайте. Если нал -налом из кассы, (заявление + паспорт) , если безнал - письмо или заявление от физ. лица и верните ему на счет.