Как выгоднее продать ООО физлицу здание?

У Вас хорошая идея. В любом случае как бы Вы не оформляли сделку облагается налогом 6% сумма поступивших денежных средств. Но, обратите внимание, что у участника не будет облагаться НДФЛ сумма от продажи, если только он владел этой долей не менее 5 лет.
И еще.... если все ООО, на балансе которого числится здание стоимостью 20 млн. , Вы продадите за 20 000 руб., у налоговых органов такая сделка может вызвать большой интерес. Ведь продается не УК на балансе, а действительная стоимость доли.

Выгоднее продать физ. лицу свою долю в этом ООО другому физ. лицу.
И тогда, согласно подп. 17.2 ст. 217 НК РФ не подлежат налогообложению (освобождаются от налогообложения) доходы физических лиц, получаемые от реализации (погашения) долей участия в уставном капитале российских организаций при условии, что на дату реализации (погашения) таких акций (долей участия) они непрерывно принадлежали налогоплательщику на праве собственности или ином вещном праве более пяти лет.
*
Т. е. раз у вас право собственности на доли в этом ООО с 2007 года -т. е сейчас более 5 лет, то при продаже этих долей НДФЛ не начисляется.
УСН вообще нет, так как при смене собственника у ООО нет реализации и не возникает доход для УСН, и деньги по договору купили продажи доли пойдут не в ооо, а продавцу-физ. лицу.
Доход будет только у физ. лица продавца доли, и то необлагаемый ндфл. Можете официально продать долю хоть за 20 млн, и без начисления НДФЛ.