Подскажите пожалуйста. Вопрос по бухгалтерии.

Подсказываем- вопрос то где?:)))))

Проводки делаются по накладной (акт) после приходования, а по счет-фактуре делается вычет. Вот это и говорит закон. Читайте НК и ПБУ. Оплата производится по счету, а не по счет-фактуре. Договор с юр. лицом заключается в письменном виде. Только разовую поставку можно оформить счетом-офертой.

Где вопрос

Очевидно Ваш поставщик работает без НДС, И ошибочно выставил НДС в счете, который Вы оплатили и соответственно получили счет фактуру на сумму НДС. А закон говорит:
Организация-"упрощенец" обязана уплатить НДС в бюджет в сумме, указанной в выставленных счетах-фактурах, независимо от того, ошибочно она это сделала или нет (Письмо Минфина России от 23.03.2007 N 03-07-11/68).
Короче говоря, мышиная возня НДС поствщику в бюджет уплатить придется, вне зависимости от того вернут они деньги или нет. Если вернут, то оплатят и Вам и бюджету, если нет, только бюджету.

Если в текущем квартале счф от поставщика получен, то просто его выбросьте, а проводки по поступлению удалите, и не включайте его в книгу покупок и журнал счф полученных за 4 квартал. А с оплатой - напишите письмо поставщику на возврат средств в связи с ошибочным перечислением, вернутся деньги и всё у вас в ноль выйдет по расчетам, как будто ничего и не происходило.

Делается бухгалтерская справка где вы всё описываете на основании чего делается обратная проводка. И по банку тоже.