как поставить на баланс организации ТМЦ, которые учредитель купил неофициально?

Технологически оприходовать товары как раз беспроблемно можно. Создать комиссию по оценке ТМЦ, составить опись ТМЦ и их стоимость - и на основании этого акта - оприходовать!! !
Можно и провести проверку наличия ТМЦ в ООО и оприходовать уже как излишки ТМЦ, находящиеся в эксплуатации или на подотчёте... .
Но есть ещё законодательное обоснование.. . которое нужно бы соблюсти. Законодательную сторону может проверить (а может и нет... ) прокуратура или ростехнадзор.. . и при выявлении нарушений применить финансовые санкции. Но в ООО - проверки бывают лишь по чьим-то жалобам... .
Но и тут выход есть.. .
Сделки купли-продажи свыше 100,0 тыс. руб - обязательно должны проходить через аукцион.
Для придания сделке законодательного вида - нужно опубликовать любое объявление по проведению аукциона. Можно даже просто в компьютере... .
Предварительно договорившись с продавцом, чтобы он в течение суток сбросил на этот же эл. адрес заявку на продажу товара, и в этот же день вы дадите согласие на покупку.

Да, вам лучше заключить договор займа от учредителя. Потому что расчеты между организациями возможно наличными только в сумме 100тыс. рублей. Но уж ни как не миллион. И договор заключать не деньгами, а на поставку материалов. Вы оприходуете материалы. А потом уж будете расчитываться с учредителем постепенно .

"Сделки купли-продажи свыше 100,0 тыс. руб - обязательно должны проходить через аукцион".
Поясните, пожалуйста, на основании какого нормативного документа Вы сделали такой вывод