Здравствуйте, мой вид деятельности как ИП 60.24 (Грузовые перевозки)

К сожалению, в вашем случае шансов отбиться от штрафов и пеней мало... .
Разрешение на применение УСН (сейчас кстати действует уведомительный порядок вместо разрешительного) , не означает, что при условии введения в вашем регионе ЕНВД для отдельных видов деятельности вы имеете право на альтернативу. Налогообложение ЕНВД носит обязательный характер, если ваш вид деятельности попадает под него.
А УСН вы можете применять для другой деятельности.
Подавайте срочно декларации по ЕНВД, платите налоги, подавайте уточненку по УСН, заявление на возврат переплаты по УСН подайте сразу же с декларациями по УСН и если в течение месяца не вернут, требуйте проценты за несвоевременный возврат переплаты по статье 78 НК. С поганой собаки - хоть шерсти клок! Не позволяйте нарушать свои права... .

Обращайтесь в суд, чтобы налоговой инспекции неповадно было. Думаю, что выиграете процесс. Потом вас там будут бояться и УВАЖАТЬ. Я по себе знаю, через это прошел....

Смотрите сами как вам лучше. Если не хотите в деньгах терять - можно в суд обратиться. А если деньги не такие и большие для вас -заплатите и нервы будут спокойны!

У меня была анологичная ситуация, только перешли с ЕНВД на ТСНО, самостоятельно налоговой ничего доказать не смогли, а в суд не стали обращаться, переделывали всю отчетность за 2 года и сдавали, заплатили кучу штрафов и пеней, мой руководитель счел что это будет проще, к тому же при добровольном переделывании 2х лет отменили выездную налоговую проверку, если бы обратились в суд проверка бы была непременно. в данной ситуации остается сесть и подумать что будет проще в вашем конкретном случае. Желаю удачи.