Подскажите как нужно оформлять акт сверки с поставщиком, если у нас расхождения?

в акте сверки, который вам прислали, рядом с данными поставщика есть пустые графы, вы должны их заполнить по вашим данным, вывести сумму задолженности, подписать акт и отправить обратно поставщику. Если пустых граф нет, то пишете, что не согласны с данной суммой, пишете свою и прикладываете свой акт сверки. Если поставщик будет не согласен, то придется копировать документы, и отправлять их вместе с актом сверки

Акт сверки обычно оформляется в таблице. Левую сторону заполняет тот кто делал акт- например поставщик, а правая сторона остается пустой. Ее должны заполнить вы по своим данным. Внизу под таблицей пишется- Согласно акта на такое-то число задолженность ...организации составляет... .
И пишите свои данные. Вот и все. Подписываете и отдаете постовщику. Далее ждете дальнейших действий от них.

Пишете свое сальдо, предварительно сверяете, каких накладных у Вас нет (не были получены) . Например, По данным ООО.... сальдо на 01,12,08 составляет 2 222 222, расхождения по накладным 111 от 12,03,08, 112 от 12,03,08 ,..на общую на сумму 111 111.
А дальше запускается маханизм с их стороны, они обязаны доказать, что данный товар (услуга) отгружалась (оказывалась) , т. е. предоставить накладную (либо акт выполненных работ) с Вашей (предприятия) печатью, причем синей и подписью ответственного лица. Если у них такого доказательства нет, все - это им на убытки...