номера счёт фактур не попорядку

да не имеет значения. счета могут быть произвольных номеров. главное, чтобы уникальные...

нет. обычная ситуация. проводите по факту отгрузки.

конечно, это не есть хорошо, но не смертельно. аннулируй счета-фактуры и накладные, бумажку напиши какую-нибудь, что отгрузки не было.

У меня часто такое бывает, не вижу ничего страшного в этом, так как никаких налоговых последствий это не влечет, вам, что уменьшат платежи в Бюджет по НДС, не приняв к учету вашу счет-фактуру?

Согласно пп. 1 п. 5 ст. 169 НК РФ счет-фактура должен иметь порядковый номер, который указывается в строке 1.
Однако Налоговый кодекс РФ и Правила не устанавливают требования, по которым следует нумеровать счета-фактуры. Поэтому порядок присвоения номеров вы можете разработать самостоятельно и утвердить его в учетной политике для целей налогообложения.
Например, счета-фактуры могут нумероваться в порядке возрастания с начала каждого календарного года. Такой способ нумерации является наиболее распространенным. Однако вы также можете присваивать счетам-фактурам номера и с начала квартала или месяца, если осуществляете многочисленные отгрузки товара.
Основная задача при этом - не допустить появления документов с одинаковыми порядковыми номерами, датированных одним числом.

ничего страшного, но для своего удобства конечно лучше по нумерации при этом, совпадала с реализацией

У нас в компании - серьёзное. Надо, чтобы наши номера фактур совпадали с номерами клиентов, иначе они не будут совпадать в акте сверок за месяц и покупатель не оплатит сумму по такой фактуре.