будет ли облагаться ндфл сумма суточных расходов, оплата перелета и гостиницы если сотрудник

Это возмещение расходов, произведенных работником. Причем эти расходы подтверждаются документами. О каком доходе может идти разговор, Конечно налоговая может попытаться трактовать это как доход, может не значить что будет права. Я такую ситуацию называю - запустить дурочку (без слов все понятно).

Статья 217. Доходы, не подлежащие налогообложению (освобождаемые от налогообложения)
Не подлежат налогообложению (освобождаются от налогообложения) следующие виды доходов физических лиц:
все виды установленных действующим законодательством Российской Федерации, законодательными актами субъектов Российской Федерации, решениями представительных органов местного самоуправления компенсационных выплат (в пределах норм, установленных в соответствии с законодательством Российской Федерации) , связанных с:
исполнением налогоплательщиком трудовых обязанностей (включая переезд на работу в другую местность и возмещение командировочных расходов) .
Постановление Правительства РФ от 13.10.2008 N 749
"Об особенностях направления работников в служебные командировки"
Размеры расходов, связанных с командировкой, определяются коллективным договором или локальным нормативным актом.

суточные свыше 700 руб по России и свыше 2500 за границу облагаются ндфл, а перелет и гостиница в полном объеме не облагаются, но желательно, что бы выдача денег под отчет по документам прошла до командировки, если такой возможности нет, то погасите задолженность после, но могут быть претензии налоговой инспекции, они при проверке пытаются это переквалифицировать в продажу от работника товаров и услуг, хотя сам работник к ним никакого отношения не имеет.