В авансовом отчете вписывать суммы со всех чеков или с тех,которые превысили сумму суточных??

В случае направления в служебную командировку работодатель обязан возмещать работнику:
расходы по проезду;
расходы по найму жилого помещения;
дополнительные расходы, связанные с проживанием вне места постоянного жительства (суточные) ;
иные расходы, произведенные работником с разрешения или ведома работодателя.
Порядок и размеры возмещения расходов, связанных со служебными командировками, определяются коллективным договором или локальным нормативным актом.
Cуточные принимаются к расходу на основании расчета и не должны подтверждаться никакими кассовыми чеками.
В составе командировочных расходов работодатель компенсирует работнику суточные - дополнительные расходы, связанные с проживанием вне места постоянного жительства (абз. 4 ч. 1 ст. 168 ТК РФ) .
Суточные не являются доходом работника и не облагаются НДФЛ в пределах норм, которые установлены абз. 10 п. 3 ст. 217 НК РФ:
- не более 700 руб. за каждый день нахождения в командировке на территории РФ;
- не более 2500 руб. за каждый день нахождения в заграничной командировке.
Сумма суточных, которая превышает указанные размеры, является доходом работника. Поэтому работодатель должен исчислить с нее НДФЛ, удержать его и перечислить в бюджет.
Если сотрудником были произведены иные расходы (с ведома работодателя), то в этом случае необходимы подтверждающие документы, в том числе и кассрвые чеки.

Со всех, а дальше - как у вас прописано в Положении о компенсации расходов в командировках на предприятии.
Либо просто возмещаете, либо перерасход ставите в доходы работника и облагаете НДФЛ

Со всех.

чеки подтверждающие все суммы.