начисление зарплаты

Проверьте вы закрываете периоды каждый месяц?

Проверьте начисление вручную, хотя бы одного работника и посмотрите на какую сумму расхождения. Возможно в этом году вы не убрали стандартные вычеты н работника в размере 400 руб. Или же не обновили стандартные вычеты на детей. Они увеличились : на 1-го ребенка 1400,на 3-его-3000.

Что значит неверно? И потом сформируйте налоговый регистр и проанализируйте в чем проблема.
ЗЫ. У 1с проблем с расчетом НДФЛ в принципе не бывает

Программа бывает глючит, я обычно корректирую вводя в ручную, операцией.

В общем суммы скачут из-за того, что при начислении зарплаты надо делать РАСПРЕДЕНИЕ. там есть заполнить, рассчитатть, распределить! Обязательно нужно в конце сделать распределить (честно уже 6 месяцев не на зарплате, забыла как правильно эта кнопка называется) . Когда закрываете месяц, туда больше не лезьте и не перепроводите! Если расхождение на большие суммы, то заходим регистр накопления-ндфл расчеты с бюджетом-с отбором по сотруднику- "+"-начисленный , "-" удержанный, проверьте есть ли лишние "-", и если нет перепроведите документыы которые эти "-"(минусы) формируют. Ну и во вкладке учетная политика налоги- ндфл удержанный и ндфл начисленный должны быть равны... была такая проблема... разобралась, в конце года отлично сформировался отчет!

Бывает ещё когда кадровики правят вычеты по НДФЛ (ошибки) , программа пересчитывает.