с талкнулся с проблемой. скажите как решить

Да, есть .
При реализации покупных товаров - на стоимость приобретения данных товаров, определяемую в соответствии с принятой организацией учетной политикой для целей налогообложения одним из следующих методов оценки покупных товаров:
по стоимости первых по времени приобретения (ФИФО) ;
по стоимости последних по времени приобретения (ЛИФО) ;
по средней стоимости;
по стоимости единицы товара.

В НК РФ не установлен запрет в отношении возможности выбора разных методов оценки для различных групп однородных материалов и сырья.
Кроме того, в целях сближения бухгалтерского и налогового учета налогоплательщик вправе использовать порядок оценки материалов, предусмотренный законодательством о бухгалтерском учете, в части, не противоречащей НК РФ.
Положением по бухгалтерскому учету "Учет материально-производственных запасов" ПБУ 5/01 <1> предусматривается использование одного метода по группе однородных материалов.
на мой взгляд метод оценки по стоимости единицы запасов является наиболее удобным. Т. к. списывается средняя себестоимость на момент отгрузки имеющегося в наличии товара.

это то что касается дохода.
А НДС, вообще, косвенный налог.
Собрали сумму реализации- выделили НДС
Собрали сумму авансов-выделили НДС
Получили начисление.
Далее собрали сумму входного НДС из поступления товара.
рассчитали сумму НДС с ранее уплаченных авансов по каждому контрагенту при реализации.
получили сумму вычетов.
Начисление- вычеты =сумма к уплате.
Все это, конечно, обобщенно.
Но опять таки это если у Вас ОСНО.
Если УСНО "доходы -расходы", то НДС идет в расходы на момент оплаты приобретенного товара, а покупателям НДС Вы его не выставляете, т. к. не являетесь плательщиком НДС.

НДС к оплате считается не из закупочной цены, а из цены реализации