Можно ли продавать по счёт-фактуре более, чем на 100 000?

А почему нельзя-то?

Может, там есть какой-то другой подвох - например, есть лимит расчета наличными между юрюлицами 100000 тыс по сделке?

А так - не вижу препятствий.

К тому же - важно понять - счет-фактура - это документ для учета НДС - если вы его покупателю не дадите, он не сможет принять НДС к зачету.
Если бы я был преподавателем, а мне студент сказал бы "продал по счету-фактуре", я бы ему сразу 2 поставил - потому что не понимает, о чем говорит.

Хотя - раньше таких много было.. . ЛЕт 12 назад нам арендодатели вначале месяца счет-фактуру на оплату выдавали - какая нах разница - счет или счет-фактура.. . Хотя на самом деле счет-фактура составляется при реализации услуг - т. е. в конце месяца - вместе с актом об оказании услуг

В Вашем случае важно иметь 2 договора, если оплата за наличный расчет. Ограничение установлено на оплату наличными не более 100 000 руб. по одному договору. Оплата по двум договорам, можно произвести даже в один день и по 1 приходному ордеру, но в нем должно быть указано, что оплата по двум договорам с указанием номеров.
Лучше составить две счет-фактуры по каждому договору, и две накладных, если товар, или 2 акта, если работы, услуги.

Нельзя за наличный расчет более 100000 за один договор, а безналичному расчету можно любые суммы

Никаких ограничений на сумму в счет-фактуре нет. Хоть триллион напишите, если у Вас кто купит и деньги заплатит