Вопрос бухгалтеру - счет фактура

Смотря за какой период проводите. Если речь о текущем квартале, то следует отражать, а если речь идет о прошлом квартале, то лучше уточнить у ГлавБуха, она уже отчиталась за прошлый период, как бы вы чего там не накуролесили.

заполнение подобных граф влияет на формирование налоговой декларации и конечно, это Вам нужно уточнить у лица, ответственного за ведение учета налогов.

я работаю по старинке в 1С 7.7, могу предположить по аналогии:

1) "отражать вычет НДС в книге покупок" - то и значит - будете принимать НДС к вычету или нет.
Я так полагаю, что этот счет-фактура просто не попадет в книгу покупок.

2) Вид счета-фактуры - у меня в 1С 7.7 выдает варианты:
- приобретение
- аванс
- возврат от покупателя
- поступление комиссионеру

От этого зависит код операции по НДС, который попадает в книгу покупок-продаж и в декларацию по НДС.

Я так полагаю, что "приобретение" и "на поступление" - это одно и то же
(в вашем случае очевидно поступление - вы ж делаете на основании приходной накладной).

Гляньте какие она еще варианты выдает - чтобы получить представление.

Счет-фактура на аванс - при получении аванса (в смысле предоплаты) продавец должен составить счет-фактуру на этот аванс и выдать ее покупателю, который заплатил аванс.
В вашем случае речь идет о полученном счете-фактуре - при полученни счета-фактуры от продавца. которому вы заплатили аванс, вы по этому счету-фактуре принимаете НДС к вычету (а можете не принимать - см. выше). Потом, когда вы от продавца получите товар в счет этой предоплаты, по этому счету-фактуре будет НДС восстановлен к уплате.
Все эти операции будут попадать в книгу покупок-продаж.
Т. е. чтобы всё это правильно работало, надо выбирать правильные варианты.
Но при поступлении товара или при поступлении авасна 1С сам автоматически выберет то, что нужно.

Про возврат товара от поставщика - не знаю.
Мы до сих пор действовали методом обратной реализации - т. е. как будто нам тупо обратно продали.
Но там есть какие-то варианты.
Тем более что с этого года рекомендовали вместо обратной реализации делать корректировочные счета-фактуры. Но я пока не углублялся.