из налоговой пришло требование уплатить вмененный налог за три квартала этого года, но мы его заплатили. что делать?

Все очень просто и совсем не страшно.
Вариантов два:
1. Идете в налоговую и пишите заявление об УТОЧНЕНИИ кода ОКАТО в платежных поручениях (перечисляете номера, дата и суммы поручений) . Уточнение обязаны произвести. Отказать в уточнении не должна в принципе (я по крайней мере не вижу для отказа оснований) .
В этом случае платежи лягут в Ваши лицевые счета теми датами, когда Вы их фактически платили; пени (если они есть) сложаться.
Вариант приемлем, если ОКАТО принадлежат одному региону (краю или области) .
Единственное - налоговый орган может предложить Вам сначала произвести сверку. Но это не обязательно. Если Вы откажитесь, отказать Вам на этом основании в уточнении платежа не имеют права.
2. Идете все туда же и пишите заявление на зачет с ОКАТО на ОКАТО.. . в сумме ...Такие зачеты очень даже делают, потому что уже давно для зачета главное, чтобы налоги были одного типа, а уровни бюджета абсолютно не важны. А у Вас тип один "спецрежимы" - то что разные ОКАТО зачисляются в разные бюджеты совершенно зачету не мешает.
Этот вариант возможен только, если на том ОКАТО, что Вы указали, у Вас числится переплата в нужной Вам сумме. И еще - в случае зачета пени не складываются, их придется оплатить.
Оба варианта много времени не займут - выбирайте нужный.

На будущее, чтобы так не ошибаться и вовремя реагировать:
1. Запросите у налоговиков таблицу соответствия ИНН-КПП- КБК-ОКАТО. Вам обязаны ее предоставить. Таблица содержит реквизиты Ваших (и именно Ваших) налоговых обязательств - пользуйтесь.
2 Возьмите за правило время от времени брать справку расчетов с бюджетом формы 39-1. Хотя бы раз в квартал. Скажем, на 1-ое число месяца, следующего за кварталом, чтобы справка учитывала Ваш последний платеж.
Справку делают в течение 5 рабочих дней, отправить Вам могут и по почте. Будете точно знать состояние своих расчетов (переплаты и недоимки) .
Раз в год делайте сверку расчетов с налоговой.

писать письмо в ИФНС о зачислении ваших платежек на правильный ОКАТО.

ОКАТО - Общероссийский классификатор объектов административно-территориального деления. У каждого муниципального образования свой ОКАТО, и если вы его указали не правильно, то соответственно денежные средства уплачены в другой город, область, ..
Т. к. вмененка исчисляется и уплачивается по месту фактического осуществления деятельности, то налогоплательщик обязан представлять отчетность и производить уплату данного налога по каждому объекту налогообложения в свою инспекцию (исключением является представление отчетности и уплата в пределах одного муниципального образования) .
Зачет с ОКАТО на ОКАТО не произведут. Оплату по верному ОКАТО производите, с другого ОКАТО возвращаете. Пеня - будет штрафом за невнимательность.

Пишите письмо в налоговую с просьбой зачесть денежные средства в сумме. . по налогу…. с ОКАТО ….. на ОКАТО…

Можно конечно написать вопрос в интернет, как это сделали Вы, но в первую очередь нужно спросить у налоговой. Неужели там сидят такие грымзы, что к ним и подойти страшно?