Можно ли выдать счет-фактуру на всю сумму по договору при его неполной оплате?

Счет-фактура должен быть составлен не позднее пяти календарных дней со дня наступления следующих событий (п. 3 ст. 168 НК РФ) :
- получение оплаты, частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг) , передачи имущественных прав;
- отгрузка товара (выполнение работ, оказание услуг) ;
- передача имущественных прав.
Если перед отгрузкой вы получили предоплату, счет-фактуру нужно будет составить в указанный срок сначала при получении предоплаты от покупателя (на ее сумму) , а затем при отгрузке (на стоимость товара) .

Если продавец получает авансы или иные платежи в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг) , то в строке 5 счета-фактуры он указывает номер платежно-расчетного документа, на основании которого поступила оплата. Это следует из пп. 4 п. 5 ст. 169 НК РФ. Если их несколько, то перечисляете все п/поручения.

Если продукция реально уже передана покупателю, то продавец по закону обязан в течение 5 дней выдать сч/фактуру на всю сумму реализации, не зависимо от того сколько было оплачено. Если продукция не передана покупателю, а покупатель оплатил аванс, то продавец обязан выдать сч/ф покупателю только на сумму аванса, а в последствии после передачи продукции выдать сч/ф на реализацию на всю сумму реализации. В графе "платежно расчетный документ" нужно указать № и дату п/п или ПКО, которым был оплачен аванс, данная графа заполняется как в сч/ф на аванс, так и в сч/ф на реализацию.
Сч/ф на реализацию если продукция не отгружена и при этом получена частичная оплата можете выдать если вам это выгодно для НДС в данном квартале.

Счет-фактура оформляется на факт фин-хоз операции, в случае авансов - на сумму перечисленного аванса.