Если квартира была куплена в 2002 году можно сейчас вернуть 13% и какие могут быть проблемы?

Если все нужные документы Вы предоставите, проблем не будет никаких.
Вам потребуются:
- копия свидетельства на право собственности (или копия договора купли-продажи + акт приема-передачи) ;
- копии документов, подтверждающих уплату денег (расписка продавца, чек, квитанция или иной платежный документ) .
Так что вся проблема - в наличии этих документов.

Имущественный вычет на приобретение жилья - бессрочный. Это означает, что заявить его гражданин может в любое время, начиная с того момента. когда у него такое право возникло - то есть с момента приобретения жилья может пройти хоть пять лет, хоть десять - право на вычет никуда не денется.
Имейте только в виду - применить вычет можно не более, чем к трем предыдущим годам. Это означает, что в этом году вычет можно использовать к доходам 2010, 2011 и 2012 годов - ко всем вместе или по отдельности - на Ваш выбор. Естественно, в этих годах у Вас должны быть доходы, облагаемые по ставке 13 %, например, официальная заработная плата. Для подтверждения доходов будет нужна справка 2-НДФЛ.
Единственное ограничение - максимальная сумма вычета для Вас будет той, которая действовала в 2002 году, т. е. не более 600 тыс. руб.

Срока исковой давности для имущественного вычета нет. Проблемы могут быть только с заполнением декларации, или налоговая документы потеряет.
Как у моей подруги недавно. Прислали требование срочно пришлите документы, иначе откажем и вычет не дадим. Потеряли сданные ранее документы, осталась одна декларация.

Закон про вышеуказанные 13% действует с 2009 года.... могут отказать