Как разграничить в 1С: 8.2 доходы и расходы по ЕНВД и УСНО?

введите субконто по счетам.. . например 26 УСН, 26 ЕНВД, соответственно выручку проводите по 90.01.1 (УСН) , и 90.01.2 (ЕНВД) . Вот и все, сама так вела бухучет при совмещении, проблем не было, программа даже сама делила з/п (распределяла между видами деятельности) , автоматически.
Только помните, что есть при таком раскладе затраты, которые необходимо распределять, например з/п директора или бухгалтера, они же и на том и на том фротах работают) , или канцтовары, аренда офиса ...потому на 26 счете необходимо ввести еще одно субконто. Делить можно к примеру пропорцианально выручке.

а вы уверены, что реализация через магазин ПРОДУКЦИИ СОБСТВЕННОГО ПРОИЗВОДСТВА - это ЕНВД? более того, если вы только начинаете деятельность, то вы можете и производство и торговлю (и оптовую и розничную) оставить на УСН.
если вы все же решили разграничивать деятельность, то разделять действительно нужно. в плане доходов: по рознице на закладке продажи есть отчет о розничных продажах. там вы просто выбираете нужный вам вид документа в зависимости от того ведете ли вы пономентклатурный учет товаров в рознице или только суммовой. доход по УСН соответственно формируется поступлением денег на банковский счет когда формируете выписки банка.
по расходам.. . то что вы можете ТОЧНО отнести к тому или иному виду деятельности вы в процессе ввода первички делите. при этом то что относится к енвд в самом последнем столбце каждого докуиента выбираете - НЕ принимается к НУ. то, что точно на УСН - соответственно принимается к НУ. а вот расходы, которые нельзя четко отнести к тому или иному виду деятельности, вы делите пропорционально выручке от видов деятельности. в программе проставляете процент деятельности по енвд и выбираете распределять расходы