ООО на УСН 6%, после выявленной недостачи, удержали сумму у работника из зарплаты...

Удержанные с работника суммы в счет возмещения ущерба нужно включить в облагаемый доход.
Основанием этому служит п. 1 ст. 346.15 НК РФ: налогоплательщики при определении объекта налогообложения учитывают внереализационные доходы, определяемые в соответствии со ст. 250 настоящего Кодекса. При этом в п. 3 ст. 250 НК РФ указано: внереализационными доходами налогоплательщика признаются, в частности, доходы в виде признанных должником или подлежащих уплате должником на основании решения суда, вступившего в законную силу, штрафов, пеней и (или) иных санкций за нарушение договорных обязательств, а также сумм возмещения убытков или ущерба.

Обратите внимание: в соответствии с п. 1 ст. 346.17 НК РФ в целях применения гл. 26.2 датой получения доходов признается день поступления денежных средств на счета в банках и (или) в кассу, получения иного имущества (работ, услуг) и (или) имущественных прав, а также погашения задолженности (оплаты) налогоплательщику иным способом (кассовый метод) . Следовательно, в налоговом учете (в Книге учета доходов и расходов) суммы возмещения ущерба следует отражать по мере удержания из заработной платы работника.

Пишите в доход-графа, основание -акт инвентаризации.

сумма недостачи - расход, сумма возмещения - доход
нет никакого налога

я считаю что не надо с нее платить налог, НК почитайте что является доходом, УСН это проще говоря что поступило к вам на р/с от реализации товараов, работ услуг....