ООО с УСН 6%-доходы

Доходы - оплата за реализацию товаров, работ и услуг.
Одного факта внесения денег не достаточно, чтобы определить доход это или нет.
В Вашем случае, вы вносили займ - это не доход, так как ООО обязано вам вернуть займ.
То, что указывает банк при приеме платежей, в данном случае не порождает налоговых последствий.
Короче, суммы внесения не являются доходом, даже если это выручка, так как выручка от ККМ учитывается по кассе и там образует доход.

А доход-то был какой? Если нет, то будете подавать нулевку. Ее будет камералить. Ваш инспектор и запросит выписку из банка, а там будет написано -торговая выручка. Вас и оштрафуют за занижение налоговой базы и неуплату налогов.
Второй нюанс -аренда чего? торгового помещения? Следуем логике налогового инспектора - торг. помещение есть, выручка, сданная в банк есть, а дохода нет.
Если сумма небольшая ( та что вносили за аренду, как торговую выручку) , то лучше заплатить с нее 6% и оформить КУДиР.
Если были платежи в фсс, пфр и ффомс, то на их сумму, но не более 50% уменьшите величину налога

ну как вариант - для себя делайте Договора займа. Показывайте по кссее - приход по договору займа. Ну а при сдаче денег в банк - ошибка.... в назначении платежа.

В банке были не правы. Вы должны были оформить Договор займа между ООО и физ. лицом и по нему вносить деньги. А теперь получается должны налог платить. Если в выписка отражена операция поступление выручки.

Оборот 1000 рублей налог 60 руб, прибыль аренда тут не важно