как правильно раскладывать первичные док-ты по бухгалтерии: нн, расходные накладные, акт выполненных работ, банковские вып

К банковским выпискам лучше прикладывать счета поставщиков, а вовсе не счета-фактуры!
Оригиналы полученных и выставленных счетов-фактур хранятся в хронологическом порядке- это п. 14 Правил ведения журнала учета полученных и выставленных счетов-фактур, применяемых при расчетах по налогу на добавленную стоимость, утвержденных Постановлением N 1137).
Я храню счета-фактуры вместе с журналом учета. Акты отдельно, приходные накладные с приходными ордерами отдельно, расходные отдельно, банк отдельно.
На самом деле "правильных правил" нет, все бухгалтера делают так как им удобней, главное, чтобы документы сохранились и вам было просто их найти.

Это должно быть прописано в вашей Учетной политике.
http://www.kakprosto.ru/kak-56243-kak-podshivat-buhgalterskie-dokumenty

Договора с клиентами и счетами-фактурами и актами выполненных работ в одну папку "Договора" . Выписки то тут причем? Положите их в отдельную папку и обзовите "расчетный счет". Расходные накладные в третью папку, скажем "Накладные".

У меня так:
счета-фактуры с актом в. работ в одном файле и также с-ф с товарной накладной и все они по датам лежат в папке, обычно у меня одна больша папка на квартал.
Выписки из банка лежат в отдельной папке, её мне хватает на год.
Расходные лежат вместе с авансовыми отчетами тоже по датам.
Договора в отдельной папке, которой тоже хватает на год.
И ещё одна папка с уведомлениями, причём для своего удобства я подписываю карандашом - дату исполнения.
Подшиваются документы - сверху более поздняя дата.
Но если объёмы небольшие, можно и на меньшое количество папок разбить, либо использовать на больший срок.