Не уплата налога по НДФЛ

Оформить можно и одной платежкой, и несколькими. В принципе, разницы нет.
И для Вас, и для контролирующих органов удобнее и желательней - несколькими платежками с обязательным указанием периода платежа, т.е. конкретного месяца.
Сейчас непосредственно ничего за задержку перечисления не будет. Ведь налоговой отчетности по НДФЛ законом не предусмотрено - следовательно. установить наличие задолженности налоговые органы никак не могут. Это возможно сделать только при проведении выездной проверки.
Так что: все последствия вылезут в период выездной проверки Вашей организации. Если Вы перечислите всю сумму, которую задержали до проверки, последствием будут только пени.
Штраф за неуплату налога (в соответствии со статьей 122) возникает только при условии НЕУПЛАТЫ налога на момент проверки. Если вся сумма будет на момент проведения проверки уже перечислена, штраф в соответствии со статьей 122 выносится просто не будет.

Лучше поздно, чем никогда. Сделайте отдельные платежки и отнесите в банк.

как лучше оплатить - позвоните МИ ФНС и спросите, так надежнее, заодно сможете узнать что будет.
А вообще могут штраф выписать за несвоевременную оплату НДС. с другой стороны - у вас была блокировка счета. Так что лучше в ФНС уточняйте.

Заплатить можно и одной платежкой. За несвоевременную неуплату НДФЛ возникают негативные последствия в виде штрафа – 20 процентов от неуплаченной суммы (ст. 122 НК РФ). При наличии смягчающих обстоятельств, сумму штрафа можно уменьшить или даже добиться отмены штрафа.

лучше платить разными платежками, тк в каждой вы указываете период платежа. налоговая закинет на неопознанные, потом искать замучаетесь. за несовевременную уплату начислят пени.