УСНО (доходы минус расходы).

зарплата не облагается не УСНО ни ЕНВД.. .
для того, чтобы учесть её в расходах, нужно её выплатить.. .
для того, чтобы решить к какой системе налогообложения отнести расходы по выплате з/п, надо знать по какому направлению работает данный человек: если это продавец в магазине на ЕНВД, то вся з\п+взносы с неё относятся к расходам ЕНВД.... если это менеджер оптовой торговли на УСН-то соответственно всё это расходы по УСН... если это бух. организации, который работает м на ЕНВД и на УСН, то его з\п+взносы делить пропорционально выручке по ЕНВД и УСН... т. е если выручка по УСН в 3 раза больше выручки по ЕНВД, то з\п буха делить на 4: одна часть идет в расходы по ЕНВД и 3 части в расходы по УСН.. в расходы идет начисленная...

Зарплата включается в расходы вся. Плательщиком НДФЛа является получатель дохода - физическое лицо, т. е. работник. По идее он должен сам из своих доходов (и из зарплаты) этот налог заплаить государству. НО! Чтобы работники сами с этим делом не гемороились, обязанность по исчислению, удержанию и уплате НДФЛа в бюджет, а также по сдаче отчетности - возложена на работодателя. Это называется налоговый агент. Т. е. налогоплательщик - работник, но все за него делает работодатель - налоговый агент. Это я к тому пишу, чтоб понятно стало, что зарплата является расходом вся - включая НДФЛ, т. к НДФЛ тоже входит в зарплату, но вычитается из нее при выдаче (удерживается) , чтоб в бюджет заплатить.

Теперь про УСН. Там условием признания расходов является их фактическая оплата. Т. е когда выплатил - тогда и принял к расходам. И тут зарплата принимается к расходам в части, выдаваемой работнику - при выплате работнику из кассы (или перечислении на карточку) , а в части НДФЛа - при перечислении НДФЛа в бюджет. Т. е. когда реально заплатил - тогда к расходами и принял.

Кстати, если у вас есть 1С - то там надо просто все грамотно заводить, а проводки она сама зделает - и увидите, когда она ЗП и когда НДФЛ в расходы списывает.

Про ЕНВД ничего не знаю. То, что выше написал - справедливо только в той части, которая к ЕНВД не относится