Что делать если у ИП не хватает даже на минимальную зарплату?

Глупости, у ИП запросто может быть нулевой доход. Просто не забудь отнести нулевую декларацию за отчетный период в следующем году

ИП не платит себе зарплату. Но даже при нулевом доходе ИП платит обязательные страховые взносы в ПФР около 22300 руб в год. Взносы можно не платить в первый месяц деятельности, можно к концу года.
То, что Вы работаете в качестве наемного работника, не имеет значения: работодатель платит за Вас взносы по своей конторе, Вы как ИП - по своей.
При малом доходе у ИП на УСН (доходы) или ЕНВД без работников налог к уплате может быть ноль, но взносы все равно платятся, в этом случае их нужно оплачивать каждый квартал, чтобы уменьшать налог.
В банк отчеты не сдаются, только в налоговую: по ЕНВД ежеквартально, по УСН раз в год.

Вообще-то ИП сам себе зарплату не может платить.
Есть работодатель А и работник Б. А платит Б зарплату, А удерживает с зарплаты налоги и платит страховые взносы. Это не входит в доходы Б.
Однако Б платит фиксированные взносы как положено, поскольку он ИП. И фиксированные взносы платятся независимо от того, работал Б или нет, заработал он что-нибудь или вообще голяк.
Книга доходов и расходов за этот период действительно нулевая будет.

"(там плачу ежемесячно не плохие налоги) "
Гы-гы. С тебя только 13% НДФЛ удерживают, наивно этим хвастаться. 30% от твоей зарплаты работодатель вообще из своего кармана платит и эти деньги тебя вообще не касаются.

Всё правильно слышали.