Удержание НДФЛ с договоров ГПХ и с договоров на выполненные работы, в чем разница?

НДФЛ удерживается с дохода. А с чего он начислен значения не имеет.

ну вообщет от заработанной суммы отстегивают... видмо он имел ввиду "стоимость работ составляет 10тыс р, в т. ч все предусмотренные законодательством налоги и сборы"..примерно такую формулировку

Организация (ИП), выплачивающая физическому лицу доходы по договору подряда или договору на оказание услуг, является налоговым агентом в отношении такого дохода и обязана исчислить и удержать НДФЛ непосредственно из доходов физлица-исполнителя при их фактической выплате в соответствии со ст. 226 НК РФ, а также представить в налоговый орган по месту своего учета сведения о таких доходах по форме 2-НДФЛ (см. письма Минфина России от 13.01.2014 N 03-04-06/360, от 06.08.2012 N 03-04-06/8-220, от 17.11.2011 N 03-04-06/8-310 и др., пп. 6 п. 1 ст. 208, п. 1 и 3 ст. 224,п. 1 и п. 2 ст. 226). Налоговый агент не вправе отказаться от выполнения своих функций и переложить обязанность по уплате НДФЛ на физическое лицо, которому он выплачивает доход, в том числе и по договорам гражданско-правового характера (см. письма Минфина России от 25.04.2011 N 03-04-05/3-292, от 28.12.2012 N 03-04-05/10-1452, п. 2 ст. 231). Все что говорит директор не правомочно и является нарушением закона. Даже если вы исправите отчет за 2014 год, то вы уже не сможете подать сведения о невозможности удержания НДФЛ, год то 2014, все сроки прошли.

Если договор заключен с физическим лицом, то вы являетесь налоговым агентом, соответственно удерживаете и перечисляете НДФЛ. В договоре указываете общую сумму работ, а выдаете (перечислете) исполнителю сумму за минусом НДФЛ.
Если договор заключен с индивидуальным предпринимателем, то НДФЛ уже не удерживаете, т. к по отношению к ИП вы налоговым агентом не являетесь.