Коллеги, работающие на УСНо (6%)! Подскажите, не было ли у вас проблем с налоговой по определению доходов по агентскому

Нет.

,

отчет агента есть, какие проблемы?

Вас может заинтересовать первая часть "сочинения" Минфина от 12 мая 2004 г. N 04-02-05/2/21:
"1. По вопросу определения дохода организацией, оказывающей услуги по договору комиссии, агентскому договору или другому аналогичному договору Департамент налоговой политики сообщает, что согласно статье 346.15 главы 26.2 "Упрощенная система налогообложения" Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) организации при определении объекта налогообложения учитывают доходы от реализации товаров (работ, услуг) , реализации имущества и имущественных прав, определяемые в соответствии со статьей 249 Кодекса, и внереализационные доходы, определяемые в соответствии со статьей 250 Кодекса. При определении объекта налогообложения организациями не учитываются доходы, предусмотренные статьей 251 Кодекса.
Подпункт 9 пункт 1 статьи 251 Кодекса определяет, что при определении налоговой базы не учитываются доходы в виде имущества (включая денежные средства) , поступившего комиссионеру, агенту и (или) иному поверенному в связи с исполнением обязательств по договору комиссии, агентскому договору или другому аналогичному договору, а также в счет возмещения затрат, произведенных комиссионером, агентом и (или) иным поверенным за комитента, принципала и (или) иного доверителя, если такие затраты не подлежат включению в состав расходов комиссионера, агента и (или) иного поверенного в соответствии с условиями заключенных договоров. К указанным доходам не относится комиссионное, агентское или иное аналогичное вознаграждение.
Положения подпункта 9 пункта 1 статьи 251 Кодекса распространяются на организации, применяющие упрощенную систему налогообложения и оказывающие услуги по договору комиссии, агентскому договору или другому аналогичному договору".