На наше тоо пришло уведомление с налоговой

Если бухгалтер не знал, то нужно его уволить немедленно с возмещением им штрафных санкций. Потому что бухгалтер в своей кухне должен знать все! Да и вообще.... Если задаете вопрос на российском сайте, то будьте добры указать свою страну. Я догадался, что вы из Казахстана. но это вас не красит. Чтобы правильно ответить на ваш вопрос, нужно знать ваше законодательство. Поэтому, что вам мешает обращаться на свои. казахские, бухгалтерские сайты?

ТОО - о какой стране речь идёт?

Как то странно у вас с датами. Отчет за второе полугодие вы сдаете в феврале 2016г. Вы на УСН? Декларация по УСН сдается за год, а не полугодиями.
Все сданные отчеты проходят камералку 3 месяца, как только при камералке обнаружили ошибку, так и уведомили. Вы должны были отслеживать ваш оборот и никто другой, не ищите виновных на стороне. И как ваш бухгалтер не знал о превышении лимита по УСН? Странно.
Организация лишается права применения УСН в том квартале, в котором было допущено несоответствие критериям применения спецрежима.
В соответствии с пунктом 4 статьи 346.13 НК РФ потерявший право упрощенец обязан будет исчислить и уплатить налоги в соответствии с общим режимом налогообложения, начиная с квартала, в котором было допущено несоответствие критериям, указанным в статьях 346.12 и 346.13 НК РФ.