Почему одни налоги - федеральные, другие - региональные, а третье - местные ?

Это же логично. Торговый сбор должен идти на благоустройство именно этой местности, так как торговля происходит на каком-то месте. Равно как и налог с земли этой местности.
А вот, например, транспортный налог может значительно отличаться по регионам, так как состояние дорог везде разное. И к местным его нельзя отнести, потому что было бы странным строить дороги только, скажем, в рамках какого-то сельсовета, совершенно не заботясь о том, куда ведет эта дорога за пределами сельсовета. Недра же принадлежат народу в целом, поэтому и налоги на добычу полезных ископаемых например, платятся в федеральный бюджет. НДС, акцизы, налог на прибыль идут в федеральный бюджет, так как относятся к общегосударственой экономической системе и регулируют ее.

Это распределение налогов между бюджетами всех уровней. Далее налоги направляемые в местный и региональный бюджет там и остаются для использования. А из федерального бюджета налоги распределяются по расходам и часть направляется виде субсидий обратно в местный и региональный бюджеты.

НДФЛ кстати не местный налог.

Суть распределение налогов между бюджетами в следующем:

1) Не все федеральные налоги зачисляются в федеральный бюджет (НФДЛ тому пример - 85% в субъект, 15% в местный)
2) Относительного того же и региональные налоги.

Фундаментально в бюджетном кодексе прописано, что:
1) Разграничение доходов (т. е. налогов и их распределение между бюджетами) необходимо для создания исходных условий для сбалансированности бюджета и доведения их до налогового потенциала территории, а также сглаживания территориальных и иных особенностей
2) Закрепление соответствующих налогов за каждым бюджет осуществляется исходя из того, в чьем ведении условно они находятся и они же собираются.