Добрый день, подскажите, как написать ответ покупателю, который предъявил налоговые риски при дальнейшей работе с нами.

А то, что Налоговая считает вашу организацию недобросовестным налогоплательщиком Вас не беспокоит? С чего-то же появились такие выводы. Подтвердить свою налоговую добросовестность вы можете справкой об исполнении обязанностей из ФНС

Просто, примите к сведению.
Отвечать Вас никто не заставляет.

У вас номер налоговой есть? Позвоните туда и выясните, причины письма. Потом можно что-то прокомментировать. Как вы собрались отвечать, если сами не понимаете причины такого письма от налоговой?

Предъявите вашему покупателю справку о состоянии расчетов по налогам и взносам. Укажите в письме, что имеющаяся задолженность перед бюджетом- текущая и не просроченная.

Не факт, что в налоговой ответят, почему вас считают недобровестным налогоплательщиком.
Для начала проверьте данные о вашей организации по всем источникам, которые есть в открытом доступе:

✅https://egrul.nalog.ru/ - нет ли в выписке из Единого государственного реестра юридических лиц данных о недостоверных сведениях.

✅https://service.nalog.ru/svl.do - сведения о дисквалифицированных лицах, которые не имеют права занимать определенные (как правило, руководящие) должности

✅https://service.nalog.ru/zd.do - сведения о юридических лицах, имеющих задолженность по уплате налогов и/или не представляющих налоговую отчетность более года

✅https://service.nalog.ru/addrfind.do - проверка адресов массовой регистрации

✅https://service.nalog.ru/mru.do - сведения о физических лицах, являющихся руководителями или учредителями (участниками) нескольких юридических лиц

✅http://www.vestnik-gosreg.ru/publ/fz83/ - вестник государственной регистрации: официальное издание, в котором публикуются все сведения о реорганизациях, ликвидациях, недействующих юр. лицах и др.

✅http://fssprus.ru/iss/ip - банк данных исполнительных производств на сайте судебных приставов. Наличие исполнительного производства у предприятия говорит о том, что у компании имеется вступившее в силу решение суда о взыскании задолженности, что может свидетельствовать о признаках банкротства.

✅http://kad.arbitr.ru/ - картотека арбитражных дел на сайте арбитражных судов. Дает представление об участии организации или ИП в судебных процессах.

✅http://services.fms.gov.ru/info-service.htm?sid=2000 - сайт управления миграционной службы позволяет проверить, является ли паспорт директора действующим.

Если там нет о вас ничего подозрительного, проверьте свою деятельность по критериям, указанным в концепции проведения выездных проверок (Приказ ФНС № ММ-3-06/333@ от 30.05.2007)

Если и по этим критериям вы белые и пушистые можно написать жалобу в вышестоящий налоговоый орган.
А то как-то не комильфо, если они такие уведомления всем вашим контрагентам будут расслылать.