Разнос покупок и продаж по договорам

Вы оплачиваете за услугу ( воду ) ,

а отгружаем материалы - это продажа товаров и материалов ...

совсем разные операции и налоги ...

можно заморочицца и перепровести всё от начала времён с использованием субконто "Договоры".
Но там надо кропотливо. Могут образоваться авансы (в разрезе договоров), а на авансы надо рисовать счет-фактуру...

Сверку сделать не проблема. Сначала определяете начисления по компаниям, а потом платежи по компаниям, вот и разделите на два договора. Будет чуть дольше по времени, если были соглашения о взаимозачетах. Полагаю, у ваших компаний режим ОСНО, раз вы не указали упрощенку, тогда остается спросить, когда разнесете по двум договорам, была ли предоплата по окончании какого-нибудь из кварталов за два года. Если предоплата была хоть по одному договору, а счет-фактура на авансовый НДС отсутствует, то уже имеется нарушение и придется вносить исправления в прошлые периоды. Если предоплаты не было, то ничего исправлять не надо. Просто составьте по окончании квартала акты сверки по двум договорам, подпишите у второй стороны и продолжайте уже раздельный учет вести.

В принципе нет ничего страшного. что учет по этому контрагенту был без разделения на договора, ведь это видно только в акте сверки, а проводки на покупку от него и реализацию ему составлялись верно. Я бы не стала лопатить предыдущие года, а разделила бы начальные остатки на начало текущего года, меньше исправлять и перепроводить.

покупа - один счет, продажа - другой. Уже вам разбивка. А в какой это программе так велось? 1С например не позволит в поступлении выбрать договор с покупателем, или наоборот - в реализации договор с поставщиком.. Или в договоре не указано, что он с покупателем или с поставщиком, а у контрагента не стоит флажок, покупатель он или поставщик. Есть другой прикол, что все договора называются "Основной", то смотрите по коду. Код у них разный будет.