При подаче налогов в налоговую с бизнеса надо платить только прибыль чистую без расходов?

Вообще-то прежде чем каким-то бизнес-проектом начать заниматься выбирают, через кого его будут осуществлять -через юр.лицо, через ИП, через самозанятого, или через простое физ.лицо. А уж потом для юр.лиц или ИП, есть возможность выбрать систему налогообложения. Налоги для каждой системы налогообложения разные, порядок их расчета утвержден в налоговом кодексе.
А для физ.лиц, многие доходы облагаются НДФЛ -порядок начисления его определен гл.23 НК РФ
Поэтому если что-то по конкретней хочется см.гл 25 НК РФ, гл.26.2,гл.26.5,
гл.21, гл. 23 НК,
Налоговый кодекс Российской Федерации часть 2 (НК РФ ч.2) \ КонсультантПлюс
422-ФЗ по самозанятым.
Прежде чем, оплатить налоги за какой-то период, в ФНС обычно подается налоговая декларация на расчету данного налога. А уж потом платится налог или аванс по нему.
Также стоит учесть, что чтобы заниматься предпринимательской деятельностью и на регулярной основе для многих видов деятельности это возможно только после регистрации юр.лица или ИП.
А физики, обычно без регистрации ИП, могут продать только что-то из личного имущества, свою недвижимость, авто или сдать в аренду свою жилую недвижимость или авто. Но в таком случае они должны начислить НДФЛ с полученных доходов согласно гл.23 НК РФ, а так в некоторых случаях могут воспользоваться вычетами по НДФЛ -например,имущественными вычетами. Доходы же их данной деятельности отражаются в поданной ими декларации 3-НДФЛ за год, или если покупатель -юр.лицо или ИП то они в некоторых сделках выступают как налоговые агенты по НДФЛ и сами подают сведения о доходах данного физ.лица в ФНС и сами с него удерживают и платят НДФЛ в бюджет.
Поэтому, сначала определяешь чем хочешь заниматься, а потом под это выбирается чего кого данным видом деятельности будешь заниматься и какие налоги платить.

К примеру, если продавать квартиру через физ.лицо,
то это облагается НДФЛ , но при продаже можешь воспользоваться имущественным вычетом на всю сумму покупки квартиру, имущественным вычетом на всею сумму продажи если прошло 3 года, или вычетом до 1 млн. рублей. Но если физик захочет сделать перед продажей ремонт, то расходы по ремонту нельзя включить в имущественный вычет. Сдавать 3-НДФЛ. И ндфл 13 %
Если же продавать квартиру как ИП на УСН 6 % с дохода, с полученного дохода от продажи (за сколько продал) придется начисть 6 %-это очень много, сдать декларацию по УСН.
А если у ИП УСН доход-расход, то с разницы УСН 15 % , но при ремонте многие бригады не дают документы на свои работы, и поэтому их или ищут на стороне или не очень выгодно получается.
Если ООО на ОСНО то , налог на прибыль юр.лиц 20 % . И расходы определяются гл.25 НК РФ. Все можно включить.Но налог большой. А если еще и дивиденды учредителей от прибыли ООО, то с них 13 % НДФЛ. Сдается декларация по налогу на прибыль юр.лиц.

Зависит от системы налогооблажения компании

Зависит от системы налогообложения На УСН с любого дохода без учёта расходов

При расчете налога на прибыль организаций, налогоплательщик должен четко знать, какие доходы и расходы он может признать в этом периоде, а какие нет.