о сроках подачи заявления в налоговую

Не важно где зарегистрирован ИП, по ЕНВД нужно стать на учет отдельно по фактическому месту ведения деятельности (кроме: оказания автотранспортных услуг по перевозке пассажиров и грузов; розничной торговли, осуществляемой через объекты стационарной торговой сети, не имеющей торговых залов, а также объекты нестационарной торговой сети; размещения рекламы на транспортных средствах. По этим видам деятельности встают на учёт по месту регистрации ИП) в течении пяти дней после начала деятельности (первого дохода) . Заполняете форму ЕНВД-2.doc. Штраф за опоздание с ЕНВД-1 до 10000 рублей (НК ст. 116). Если у вас несколько магазинов в разных районах, то вы указываете их в форме ЕНВД-2 и в последствии подаете одну декларацию со всеми обособленными подразделениями, в налоговую где вы заполняли форму. Налоговая, в течение пяти дней, со дня получения заявления выдает уведомление о постановке на учет индивидуального предпринимателя в качестве налогоплательщика ЕНВД. ИФНС в течение пяти рабочих дней со дня получения заявления выдает "вмененщику" уведомление о постановке на учет по форме N 1-3-Учет.

C 2013 года расчет вмененки будет производится начиная с даты постановки плательщика на налоговый учет (либо до дня снятия с учета) . При расчете будет учитываться фактическая продолжительность ведения деятельности в календарных днях.
Подробнее: http://ipipip.ru/index5.php

только после денежных выплат этому работнику.
Но декларации (даже нулевые) надо сдавать регулярно

насколько я знаю нулевых деклараций по ЕНВД не существует . Их не принимают, моя знакомая хотела сдать, ей ответили : либо закрывайтесь, либо сдавайте нормальную декларацию. Пенсионный, насколько я знаю Вы будете платить с того момента как зарегистрировали ИП, даже если деятельность не ведется, на учет по ЕНВД не встают, если Ваша деятельность попадает под этот налог, значит Вы просто сдаете декларации и его платите автоматически . С того момента как начали деятельность . Лучше обратиться в бухгалтерскую фирму как и что правильно сдавать ..