Сверились с контрагентом: по моим данным сальдо в их пользу 1000 руб., по их данным сальдо 0 руб.

В случае, если не идет акт сверки с контрагентом, то однозначно, значит вам не дали какой-либо докумн, или вы недооприходовали, может он был, но стоит на другой фирме, бывает разное. Я делаю так, чтобы сойтись с контрагентом списываю разницу на 76,6 (до выяснения) , подписываю акт. И отслеживаю 3 года, по истичении 3-х лет можно списать сумму на 91,2 (списание дебиторской/кредиторской зад-ти) . Правда перед этим нужно провести инвентаризацию зад-ти. Вот и все

Кредитовое сальдо можете списать во внереализационный доход. Подать корректировку по налогу на прибыль за 2006 год с указанием дохода прошлых лет, заплатить недоимку, ждать начисления пени. В бух. учете начислить налог на прибыль с дохода прошлых лет в 2009 годом. Налог по ставке 2006 года. Иначе при проверке это придется делать, да еще штраф платить.

Можно списать на основании акта сверки....)) )
Кредиторская задолженность (включая задолженность перед персоналом по депонированной заработной плате) , по которой срок исковой давности истек, включается в состав прочих доходов организации на основании данных проведенной инвентаризации ( актов сверки)
Кредиторская задолженность включается в состав прочих доходов в сумме, в которой эта задолженность была отражена в бухгалтерском учете организации (п. 78 Положения по ведению бухгалтерского учета и бухгалтерской отчетности, п. п. 10.4, 16 ПБУ 9/99). Поэтому, в случае если списываемая кредиторская задолженность образовалась в результате получения аванса (предварительной оплаты) , сумму НДС, исчисленную с этого аванса (предварительной оплаты) и учитываемую обособленно на счете 62 "Расчеты с покупателями и заказчиками" (или 76 "Расчеты с разными дебиторами и кредиторами"), организация при списании кредиторской задолженности должна включить в состав прочих расходов (п. п. 11, 16, 18 ПБУ 10/99).

Составте акт инвентаризации задолженности и по приказу руководителя спишите эту сумму на прибыль, где теперь искать эту тывсячу.

Значит какой-то документ не провели просите акт сверки за весь период работы с контрагентом.

может вы неправельно выписку банковскую разнесли, посмотрите в их акте сверки какая сумма конкретно не идет, там и ищите...