МИФНС №15 СПб... При регистрации ИП подали заявление на упрощенку 6%, а когда и куда подавать заявление на вмененку?...

Подавать заявление для ЕНВД не нужно! Вы обязаны применять ЕНВД, если попадает под ЕНВД ваш вид деятельности. Заявление подается только для УСН.

Статья 346.28. Налогоплательщики

1. Налогоплательщиками являются организации и индивидуальные предприниматели, осуществляющие на территории муниципального района, городского округа, городов федерального значения Москвы и Санкт-Петербурга, в которых введен единый налог, предпринимательскую деятельность, облагаемую единым налогом.
2. Организации и индивидуальные предприниматели, осуществляющие виды предпринимательской деятельности, переведенные решениями представительных органов муниципальных районов, городских округов, законодательных (представительных) органов государственной власти городов федерального значения Москвы и Санкт-Петербурга на уплату единого налога, обязаны встать на учет в налоговом органе:
по месту осуществления предпринимательской деятельности (за исключением видов предпринимательской деятельности, указанных в абзаце третьем настоящего пункта) ;
по месту нахождения организации (месту жительства индивидуального предпринимателя) - по видам предпринимательской деятельности, указанным в подпунктах 5, 7 (в части, касающейся развозной и разносной розничной торговли) и в подпункте 11 пункта 2 статьи 346.26 настоящего Кодекса.
Постановка на учет организации или индивидуального предпринимателя в качестве налогоплательщика единого налога, которые осуществляют предпринимательскую деятельность на территориях нескольких городских округов или муниципальных районов, на нескольких внутригородских территориях городов федерального значения Москвы и Санкт-Петербурга, на территориях которых действуют несколько налоговых органов, осуществляется в налоговом органе, на подведомственной территории которого расположено место осуществления предпринимательской деятельности, указанное первым в заявлении о постановке на учет организации или индивидуального предпринимателя в качестве налогоплательщика единого налога.
3. Организации или индивидуальные предприниматели, которые подлежат постановке на учет в качестве налогоплательщиков единого налога, подают в налоговые органы в течение пяти дней со дня начала осуществления предпринимательской деятельности, подлежащей налогообложению единым налогом, заявление о постановке на учет организации или индивидуального предпринимателя в качестве налогоплательщика единого налога.
Налоговый орган, осуществивший постановку на учет организации или индивидуального предпринимателя в качестве налогоплательщика единого налога, в течение пяти дней со дня получения заявления о постановке на учет организации или индивидуального предпринимателя в качестве налогоплательщика единого налога выдает уведомление о постановке на учет организации или индивидуального предпринимателя в качестве налогоплательщика единого налога.
Снятие с учета налогоплательщика единого налога при прекращении им предпринимательской деятельности, подлежащей налогообложению единым налогом, осуществляется на основании заявления, поданного в налоговый орган в течение пяти дней со дня прекращения предпринимательской деятельности, облагаемой единым налогом.
Налоговый орган в течение пяти дней со дня получения от налогоплательщика заявления о снятии с учета в качестве налогоплательщика единого налога направляет ему уведомление о снятии его с учета.
Форма заявления о постановке на учет организации или индивидуального предпринимателя в качестве налогоплательщика единого налога и форма заявления организации или индивидуального предпринимателя о снятии с учета в качестве налогоплательщика единого налога в связи с прекращением предпринимательской деятельности, подлежащей налогообложению единым налогом, устанавливаются федеральным органом исполнительной власти, уполномоченным по контролю и надзору в области налогов и сборов.

Смысл таков, как только вы начинаете деятельность попадающую под ЕНВД Вы должны подать соответствующее заявление.
С раздельным учетом сложнее, никаких общих методических рекомендаций не существует, значит Вам придеться самостоятельно разработать систему такого учета, как Вам удобнее. Но что бы это было понятно ИФНС

Вести разделный учет и читайте внимательно Налоговый кодекс!

2. Организации и индивидуальные предприниматели, осуществляющие виды предпринимательской деятельности, переведенные решениями представительных органов муниципальных районов, городских округов, законодательных (представительных) органов государственной власти городов федерального значения Москвы и Санкт-Петербурга на уплату единого налога, обязаны встать на учет в налоговом органе:

по месту осуществления предпринимательской деятельности (за исключением видов предпринимательской деятельности, указанных в абзаце третьем настоящего пункта) ;

по месту нахождения организации (месту жительства индивидуального предпринимателя) - по видам предпринимательской деятельности, указанным в подпунктах 5, 7 (в части, касающейся развозной и разносной розничной торговли) и в подпункте 11 пункта 2 статьи 346.26 настоящего Кодекса.

Постановка на учет организации или индивидуального предпринимателя в качестве налогоплательщика единого налога, которые осуществляют предпринимательскую деятельность на территориях нескольких городских округов или муниципальных районов, на нескольких внутригородских территориях городов федерального значения Москвы и Санкт-Петербурга, на территориях которых действуют несколько налоговых органов, осуществляется в налоговом органе, на подведомственной территории которого расположено место осуществления предпринимательской деятельности, указанное первым в заявлении о постановке на учет организации или индивидуального предпринимателя в качестве налогоплательщика единого налога.

(п. 2 в ред. Федерального закона от 22.07.2008 N 155-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

3. Организации или индивидуальные предприниматели, которые подлежат постановке на учет в качестве налогоплательщиков единого налога, подают в налоговые органы в течение пяти дней со дня начала осуществления предпринимательской деятельности, подлежащей налогообложению единым налогом, заявление о постановке на учет организации или индивидуального предпринимателя в качестве налогоплательщика единого налога.

Налоговый орган, осуществивший постановку на учет организации или индивидуального предпринимателя в качестве налогоплательщика единого налога, в течение пяти дней со дня получения заявления о постановке на учет организации или индивидуального предпринимателя в качестве налогоплательщика единого налога выдает уведомление о постановке на учет организации или индивидуального предпринимателя в качестве налогоплательщика единого налога.

Снятие с учета налогоплательщика единого налога при прекращении им предпринимательской деятельности, подлежащей налогообложению единым налогом, осуществляется на основании заявления, поданного в налоговый орган в течение пяти дней со дня прекращения предпринимательской деятельности, облагаемой единым налогом.

Налоговый орган в течение пяти дней со дня получения от налогоплательщика заявления о снятии с учета в качестве налогоплательщика единого налога направляет ему уведомление о снятии его с учета.

Форма заявления о постановке на учет организации или индивидуального предпринимателя в качестве налогоплательщика единого налога и форма заявления организации или индивидуального предпринимателя о снятии с учета в качестве налогоплательщика единого налога в связи с прекращением предпринимательской деятельности, подлежащей налогообложению единым налогом, устанавливаются федеральным органом исполнительной власти, уполномоченным по контролю и надзору в области налогов и сборов.

(п. 3 введен Федеральным законом от 22.07.2008 N 155-ФЗ)