как выгоднее организовать работу кафе - в виде ИП или ООО

Лучше ИП. Если конечно не боитесь того, что если что будете отвечать своим имуществом. Но это на самом деле не проблема.

А выгоднее с точки зрения налогообложения. Вот смотрите, какая бы система у вас не была, вы заплатили налог (6% или 15%) и все, остальное все ваше.

В случае ООО, после уплаты налогов остаток будет не ваш, а ООО. Если захотите забрать прибыль себе, то извольте еще 13% подоходного налога заплатить.

Есть и еще доводы, но думаю и этого хватит ;)

ГЛАВНОЕ УСН Дохода - расходы

Со стороны надзорных органов к ИП меньше пристают чем к ООО
Но по ответственности ООО более выгодно!

ПБОЮЛ отвечает все своим имуществом, ООО в размере уставного капиталла.

лучшЕ ООО

По ИП в бухгалтерии проще.

если вы хотите оставаться на низком уровне (обороты, количество работников и прибыль) то ИП вполне хватит. По долгам ООО - его учредители не отвечают (это на случай если прогорите) А вот Индивидуальный предпририматель овечает за результат своей деятельности самостоятельно.
А вот бухучет можно сделать по упрощенной системе и в том и в другом случае. ИП скорее подходит тем, кто хочет сэкономить на бухгалтере.. . Неизвестно сколько Вы можете потерять не зная какой-нибудь заковыристой статьи Налогового Кодекса.
Короче говоря оптимизировать налогообложение можно одинаково в обоих случаях. Всё дело в ответственности за результат деятельности.