Что изменилось в счет-фактуре с 29.05.2009???

форма осталась прежней, внесены изменения в порядок заполнения.
А заполнять сразу полное и сокращенное наименование поставщика не надо:
Позиция ФНС: в счетах-фактурах указывается либо полное, либо сокращенное наименование продавца
Строка 2 счета-фактуры может содержать как полное, так и сокращенное (если есть) название компании-продавца. Писать одновременно оба варианта не требуется. Если продавец укажет только полное или только сокращенное наименование, основания для отказа в вычете по НДС не будет. Такое сообщение появилось на официальном сайте ФНС России.

Все проблемы начались после того, как вступило в силу постановление Правительства РФ от 26.05.2009 г. № 451. В документе прямо сказано, что строка 2 счета-фактуры теперь должна содержать полное и сокращенное наименование продавца. В прежней редакции это требование звучало как «полное или сокращенное» . Незаметная, на первый взгляд, поправка уже привела к тому, что сотни налогоплательщиков вынуждены были переделывать счета-фактуры, опасаясь проблем с налоговиками. Но больше делать этого не придется.

Представители ФНС уточнили, что никогда не предлагали вносить подобной правки и, независимо от того, случайно или умышленно поменял Минфин России «или» на «и» , никаких новых требований к налогоплательщикам предъявлять не будут.

http://www.nalog.ru/document.php?id=27430&topic=root_nalog

Попросить продавца заменить. А изменилось только название ПРОДАВЦА. Пишется теперь полное и в скобках - сокращенное название. Например:
ПРОДАВЕЦ :Закрытое акционерное общество "Эталон" (ЗАО "Эталон")

в соответсвии с инф. сообщением ФНС от 23.06.09 ничего не изменилось

Заменить или не брать. В наименование продавца расшифровывается аббревеатура ООО, ОАО и пр. т. е наименование указывается и полностью и в сокращенной форме н-р:
Продавец: "Общество с ограниченной ответственностью "Рога и копыта"
(ООО "Рога и копыта")

Ну, только не с 29.05, а 09.06 постановление 451 в силу вступило. Такие документы начинают действовать с момента публикации. Об этом уже раз сто писала тут!
А остальное народ правильно сказал. Только, еще если грузоотправитель и продавец - одно и то же, то в строке "грузоотправитель" ставится "он же".

ЗЫ: Звонить поставщику - пусть переделывает! Но только, счета-фактуры с 09.06! Раньше, даже 1С-ка не меняет печатную форму!

А самое интересное то, что при неправильно оформленной счет-фактуре вам могут не зачесть НДС к вычету при проврке. ну это так, к слову...