Имеет ли право помощник прокурора привлечь аптеку к администр. ответственности ч.4 ст.14.1?

Если прокуратура усматривает нарушение законодательства она обязана принять меры прокурорского реагирования. Представление это и есть такая мера и вынести представление прокурор вправе. А привлекать к административной ответственности по соответствующим статьям будут лица, уполономоченные на это КоАП. Дело покурора-направить им копию представления.

Прокуратура к административной ответственности непосредственно никого не привлекает.
При обнаружении в ходе прокурорской проверки признаков административного правонарушения прокурор вправе (и обязан) направить постановление о возбуждении дела об административном правонарушении в орган (должностное лицо) , которые уполномочены это дело рассмотреть и принять по нему решение. Само по себе такое постановление не предрешает виновность лица в совершении административного правонарушения. Проект указанного постановления составляется помощником прокурора, однако подписывает его обязательно прокурор района (города без районного деления) .
Дела об административных правонарушениях, предусмотренных ч. 4 ст. 14.1 КоАП РФ, подведомственны арбитражным судам (ч. 3 ст. 23.1 КоАП РФ) . Поэтому постановление прокурора направляется в арбитражный суд, который и решает вопрос о привлечении к административной ответственности (в том числе о том, имело ли место грубое нарушение условий лицензии) . Вполне возможно, что судья арбитражного суда с Вашей помощью установит, что административного правонарушения в действительности и не было.
То, что в отношении организации было вынесено представление, не лишает прокуратуру также вынести и постановление о возбуждении дела об административном правонарушении, так как принятие нескольких мер прокурорского реагирования не запрещено законом, если эти меры выносятся при наличии необходимых правовых оснований. Представление выносится с целью понуждения нарушителя закона устранить допущенные нарушения и его последствия. Постановление же направлено на то, чтобы виновные лица понесли также юридическую (административную) ответственность за свои действия (бездействие) .
Если Вы не согласны с представлением прокурора, то его можно обжаловать (вышестоящему прокурору, в суд) . Постановление о возбуждении дела об административном правонарушении не обжалуется, однако Вы можете обжаловать постановление, которое будет вынесено арбитражным судом при рассмотрении дела.