В 1797—1798 на судне «Норфолк» вместе с Дж. Басом обошёл Тасманию, установив её островное положение. В 1801—03 на корабле «Инвестигейтор» обследовал и нанёс на карту южное побережье Австралии, открыл заливы Спенсер, Сент-Винсент, полуостров Йорк и прибрежные острова, в том числе Кенгуру, открытый несколько ранее независимо от него французской экспедицией Н. Бодена. В 1802 обследовал восточное и северное побережье Австралии, нанёс на карту Большой Барьерный риф и произвёл съёмку залива Карпентария. В 1814 предложил назвать южный материк Австралией (вместо Новой Голландии) .
Его именем названы остров у берегов Тасмании, банка в Индийском океане, проход и рифы в Большом Барьерном рифе, в Австралии — хребет, река и город, бухта и населённый пункт Флиндерс-Бей на юго-западе материка.
Хотя Флиндерс при жизни не присваивал открываемым им географическим объектам своего имени (хребет Флиндерса был назван в честь его брата) , на нынешних картах оно имеется в огромном количестве. Заливы, национальные парки, острова, рифы, реки, маяки. И сколько в австралийских городах площадей и улиц Флиндерса. Столетие со дня его смерти было широко отмечено в Австралии. Публиковались биографии, устанавливались памятники, мемориальные доски. Его именем назвали университет, корабли, военно-морскую базу. Его изображение появилось на 10-шиллинговой банкноте и почтовой марке.
Этот человек успел сделать так много за свою короткую жизнь. Он, наряду с такими титанами как Джеймс Кук и Артур Филлип, заложил фундамент, на котором выросла австралийская нация, и явил пример бескорыстного служения человечеству.
