Примеры возникновения географических названий городов. Ну где то 5 примеров.

На примере Иркутской области:

А. Братск - название дано русскими по названию народа - бурятов, которые имели свою ставку на этой территории. Бурятов русские называли *братами*, отсюда название - Братск. То есть Бурятск.
Б. Ангарск, Иркутск - по названию рек Ангары и Иркута. Аналогично Усть-Илимск и Усть-Кут - по названию рек Илим и Кут, а сокрашение Усть означает устье. То есть место устья Илима и Кута
в. Шелехов - назван в честь российского Колумба, путешественника, землепроходца, мореплавателя, купца и основателя Русско-Американской компании Григория Ивановича Шелихова. Аналогично - название города Вихоревка, названного по имени казака Вихоря, погибшего при форсировании местной реки.
г. Тулун - переводится с бурятского как кожаный мешок, город получил это название из-за расположения в изгибе реки, огибающей его как мешок.
д. Зима - место населял бурятский род зэмэ, что созвучно русскому слову зима. Отсюда и название.

Москва получила своё имя от реки - такие названия именуют "гидронимы". Название же реки Москва - финского происхождения, происходит от слова Moska - сырость, слякоть (от этого же корня, похоже, происходит русское слово "мозглый").
Санкт-Петербург - название, придуманное его основателем Петром Первым. Означает по-немецки (ведь царевич Пётр рос в Немецкой Слободе в Москве и считал всё немецкое образцом для подражания - даже табакокурение!) "Город Святого Петра". То есть Пётр назвал новый город не в свою честь, а в честь своего небесного покровителя.
Топоним "Петроград" придуман А. С. Пушкиным - см. его поэмы "Медный Всадник" и "Езерский". В 1914 году стал официальным названием российской столицы в связи с началом войны с Германией.
Петрозаводск изначально именовался Петрозаводская Слобода, поскольку в таком качестве и возник при основанном Петром Первым завлде, изготавливавшем пушки. После 1945 года завод перепрофилирован на производство трелёвочных тракторов и теперь именуется Онежским Тракторным Заводом - он находится в самом центре города.
Наиболее своеобразное из названий городов, названных по рекам, на которых они стоят - на мой взгляд, Западная Двина Тверской области. При строительстве однопутной железной дороги от Москвы до Риги при её пересечении с рекой Западная Двина сделали разъезд с полустанком, который, естественно, так и назвали - Западная Двина. При разъезде возник небольшой посёлок железнодорожников с мастерскими, потом разросшийся. Статус города получил в 1925.
Сергиев Посад. Возник как посад при Троице-Сергиевом монастыре, основанном Сергием Радонежским - крупнейшим религиозным и политическим деятелем 14 века. Большевиками переименован в Загорск в честь их соратника товарища Загорского. Но новое название не вызывало у народа неприятия - ведь город и правда отделён от Москвы отрогами Клинско-Дмитровской Гряды. После 1991 года городу вернули его историческое название.
Обнинск. Основан в начале 1950х годов как сверхсекретный тогда центр по работам над проблемой "мирного атома": в нём была построена первая в мире атомная электростанция - этого тогда не знали даже члены семей его первых жителей! Потом там же были созданы и первые в мире мобильные силовые атомные установки - для подводных лодок и других судов. Город основали на месте заболоченного мелколесья возле разъезда Обнинское (ударение на И), который и дал название городу. Разъезд же был так назван при строительстве железной дороги Москва-Брянск, поскольку приметных населенных пунктов рядом не было, а земли эти принадлежали наследникам некоего господина ОбнИнского, получившего их за свои ратные подвиги в войну 1812 года. Фамилия, как считают, польского происхождения.
Малоярославец. Назван основателем города Владимиром Андреевичем, князем Серпуховским и Боровским, героем Куликовской битвы, в честь своего малолетнего тогда сынишки Ярослава.
Балабаново (тоже, как и Малоярославец, входит теперь в состав Обнинской агломерации). Излюбленное место соколиной охоты русских царей допетровского времени (балабан - разновидность сокола). Город с середины 20 века, возник изначально как посёлок при спичечной фабрике.
Наро-Фоминск. На реке Нара было село Фоминское (названное так, вероятно, по названию храма), выросшее в город после основания в нём текстильной фабрики.
Мурманск. Основан в начале 20 века под названием Романов-на-Мурмане в ознаменование 300-летия династии Романовых. Поскольку город Романов уже был под Ярославлем - потом он слился с соседним Борисоглебском, город Романов-Борисоглебск переименован большевиками в Тутаев (в честь кого - посмотрите сами, мне лень).

Владивосток, Владикавказ
Куча по именам - Петербург, Хабаровск, Свердловск, Сталинград, Вашингтон
;-))) Путивль
Всякие нейтральные Лесозаводски, Горнореченски, Дальнереченски
Кучи на религиозные темы - Благовещенск, Покровск, Боголюбово

Ростов на Дону, Нижний Новгород, Алма Ата (отец яблок), Большие и Малые Горки, Плес на Волге