После ДТП страховая компенсировала ущерб не полностью. К кому предъявлять иск (разницу) : к владельцу, виновнику ДТП или

страховой, хотя елси сумма не превышает издержек и т. п. суда, то лучше не судиться.

Если сумма не превышает 120 тыс - к страховой, если больше, то сначала к страховой, а затем к виновнику ДТП. Лучше именно 2 иска, т. к. иск к 2 ответчикам сразу не удастся осуществить по правилам ЗоЗПП.
И не слушайте этого "ПРОФИ", судебные издержки также взыскиваются с ответчика.

Никакой поезд не ушел. - 3 года исковая давность.
если вы провели свою НЭ (ЭКСПЕРТИЗУ) - вызов СК и виновника не обязателен, но так принято.
Сначала Претензию в СК (если выплата до 120 тысяч) копию с отметкой себе - потом в иск - это даст прибавку 50% от выигрыша. по ЗоПП.
Судиться очень выгодно сейчас: по ЗоПП - иск по своему адресу!!!
http://www.greycardinal.ru/ здесь замечательный форум профи

Предъявлять претензию к страховой компании ( возможно проведение независимой экспертизы!!! ) , а ГК РФ тоже никто не отменял и суд тоже, но для последнего надо пройти все до субедные инстанции, а то могут отказать в иске т. к. до судебный порядок был не пройден.

Ни чего не понятно. Давайте по порядку.
Случилось ДТП. Страховая присылыет своего оценщика. Он оценивает стоимость ремонта. Страховая применит к этой оценке свои коэфициенты и сообщит Вам сумму выплаты. Все. Мы имеем некую сумму, которую и получим в итоге.
Если мы не согласны с этой суммой, мы нанимаем независимого оценщика. О дате оценки извещаем страховую не позднее чем за 3 дня. До осмотра машины независимым оценщиком ее даже мыть нельзя. Дальше. С результатами независимого оценщика обращаемся в суд с просьбой обязать страховую выплатить разницу. Так должно быть.
Хочется понять, где у Вас пошло не так? Какой ущерб Вам не возместили? Действия должны быть именно такими. Если Вы что-то сделали не так, то уже поздно. Поезд уже ушел, ни чего не добиться.